遗传因素：基因变异与胃肠息肉的形成相关，具体机制未明。
幽门螺杆菌（Hp）感染：Hp感染会对胃黏膜、肠道黏膜造成损伤，导致胃肠息肉发生。
吸烟：烟草烟雾中含有大量的致癌物质可促使黏膜发生不可逆转的基因改变，促进胃肠息肉的形成。
饮酒：可损伤胃黏膜、导致肠道菌群紊乱，促进亚硝胺类致癌物质合成，从而增加胃肠息肉发生的风险。
胆汁反流：胆汁反流入胃内，可损害胃黏膜，引起炎症性增生，导致胃息肉产生；同时使胃内pH值升高，导致胃泌素增生，从而产生增生性息肉。
服用抑酸药：长期服用抑酸药可导致高胃泌素血症，可促进胃腺体囊状扩张，形成胃息肉。部分胃底腺息肉多与服用该药密切相关。
高脂饮食：高脂饮食能促进胆汁的分泌，胆汁在肠道菌丛的作用下转化成次级胆酸，该物质会造成不可修复的细胞损伤，逐步演变成肠息肉。
缺乏微量元素与维生素：钙离子对肠道上皮起保护作用，硒可抑制促瘤因素的作用，抗氧化维生素可保护肠道黏膜，缺乏容易产生肠息肉。
肠道疾病：溃疡性结肠炎、克罗恩病等肠道疾病均可能引起肠道黏膜的过度增生，形成肠息肉。
便秘：果蔬摄入少等会导致便秘，使得肠道内致癌物存留时间延长，另外，便秘患者多有服用排*养颜胶囊、芦荟胶囊、肠润茶等通便药，该类药物多含有蒽醌类成分，会促进肠道息肉形成。
另外，有研究认为进食较多肉类（尤其是牛肉、羊肉之类的红肉）、腌制食物、油炸食物，较少进食蔬菜类，还有高脂血症、肥胖等会增加罹患胃肠息肉的风险。老年人比青年人、男性比女性风险更高。
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